全ての発端となった冷戦下の危機 冷戦の時代。ネイキッド・スネーク——のちの“BIGBOSS”は科学者ソコロフの亡命を幇助すべく、ソ連へと向かう。 だが、スネークの師であり、特殊部隊の母と呼ばれる兵士"ザ・ボス"の裏切りにより、任務は失敗。 ソコロフはGRUのヴォルギン大佐の手によって連れ去られてしまう。 １週間後、スネークはソコロフの救出とザ・ボスの抹殺を命じられ再びソ連へ——。 絶えず変化する"時代（SCENE）"の中で、伝説の起点となる任務が決行される。 メタルギアサーガの起源となる、英雄"BIGBOSS"誕生をめぐる大巨編。